Riassunto HxH fino a prima del ritorno

-Gon e Killua, dopo aver terminato Greed Island, cercano di dirigersi da Ging, ma finiscono da Kaito, il quale sta conducendo una spedizione con altri hunter per scoprire nuove specie di animali.
-Trovano la zampa di una Formichimera gigante, un insetto pericolosissimo, in quanto, mangiando vari animali, trasmette poi le migliori caratteristiche di ognuno alla generazione successiva.
-Questa Formichimera, che sarebbe la Regina, s'è rifugiata in un posto chiamato NeoGreenLife (NGL, uno Stato dove le persone vivono senza alcuna apparecchiatura elettronica) e ha cominciato a mangiare esseri umani. Lo scopo ultima della regina è quello di procreare il Re, che sarà l'essere più forte di tutti.
-Kaito, Gon e Killua si dirigono sul posto, scoprendo che il presidente di NGL, Gyro, produceva in realtà della droga, e che molti dei malviventi sono stati fatti fuori.
-Dopo aver affrontato alcune Formichimere, sconfiggendole tutte, si ritrovano ad affrontare una delle 3 Guardie del Corpo della Regina, ovvero il fortissimo Neferpitou. Kaito si sacrifica per permettere a Gon e Killua di fuggire.
-Al confine di NGL, trovano Netero con altri due hunters, Morau e Nobu, mandati lì come "squadra di disinfestazione"; Netero dice loro che, se vorranno tornare a lottare contro le Formichimere, dovranno sconfiggere gli altri due hunter destinati ad unirsi alla squadra: Knuckle e Schult.
-Dopo un mese di allenamenti, seguiti da Biscuit, Gon e Killua affrontano Knuckle e Schult, ma vengono sconfitti.
-Nel frattempo, il Re nasce prima del previsto, uccidendo la madre. Seguito dalle 3 Guardie del Corpo (Neferpitou, Shawapouf e Montowtoyupih), lascia NGL e si dirige nello Stato del Golt Orientale.
-Lo scopo del Re è quello di creare un esercito di umani capaci di usare il nen e dominare il mondo. Per riuscirci, sottoporrà a selezione milioni di persone, dove ne sopravvivrà solo l'1%.
-Alcune Formichimere, in particolare Colt (il primo figlio con tratti umani), rimangono vicino alla Regina, e decidono di arrendersi a Netero pur di salvare la madre. Le altre, invece, si sparpagliano per il mondo, ognuno cercando di creare il proprio regno (perfino il Genei Ryodan sarà impegnato contro le Formichimere nella Città delle Stelle Cadenti).
-Nonostante le cure degli umani, la Regina muore, pronunciando come ultima parola il nome del figlio: Meruem. Si scopre che la Regina aveva un'altra figlia in grembo, e che viene presa in custodia da Colt.
-Viene ritrovato anche Kaito, in pessime condizioni e sotto il controllo del nen di Neferpitou. Con le lacrime agli occhi, Gon gli promette che ammazzerà chi l'ha ridotto così.
-Dopo che Gon e Killua si sono ripresi (in particolare Killua, che scopre di avere nel capo uno spillo messogli dal fratello Illumi per controllarlo e lo estrae), si uniscono alla "squadra di disinfestazione" diretta al Golt Orientale. Netero, intanto, si ritira qualche giorno per accumulare tutte le energie possibili per lo scontro col Re.
-Dopo aver lottato contro varie Formichimere, e dopo che Gon e Killua hanno fatto amicizia con due di loro (Ikalgo e Meleoron), viene organizzato il piano per uccidere il re e le sue guardie: agiranno la notte prima della grande selezione.
-Nel frattempo, il re, stabilitosi nel palazzo del precedente dittatore del Golt Orientale, dedica il suo tempo sfidando i campioni nazionali dei vari giochi da tavolo e di strategia, come gli scacchi e il go, battendoli e uccidendoli subito dopo. Tuttavia, incontra difficoltà con Komugi, ragazza imbranata e cieca campionessa di gungi, non riuscendola mai a battere. Man mano che passano i giorni, e conoscendo sempre più Komugi, il Re comincia a rivedere, tra vari turbamenti, mentalmente la sua filosofia, affezionandosi sempre più alla ragazza e cambiando idea sugli umani.
-Arriva la notte dell'attacco al palazzo: Netero (con l'assistenza di Zeno Zoldyck) fa bombardare il palazzo con tanti draghi di nen, ferendo per sbaglio e gravemente Komugi. Il Re chiede a Neferpitou di curare Komugi, e accetta di lottare contro Netero in un posto isolato.
-Gon, pieno di vendetta, vuole lottare contro Neferpitou, ma accetta di attendere la totale cura di Komugi se la formichimera poi andrà a curare anche il corpo di Kaito, situato in un altro luogo.
-Nel frattempo, gli altri hunter e alleati se la vedono con le altre Guardie, ma vengono tutti sconfitti, anche se sopravvivono.
-Netero lotta contro Meruem in un posto isolato, avendo la peggio. Netero però, morendo, fa esplodere una potentissima bomba sita all'interno del suo corpo, ferendo gravemente il Re, che sarà salvato all'ultimo momento da Shawapouf e Montowtoyupih.
-Finito di curare Komugi, Neferpitou segue Gon da Kaito, ma gli rivela che non può fare più nulla per lui. Gon, disperato, rilascia tutto il suo Nen, trasformandosi in se stesso da grande, acquisendo una potenza inimmaginabile. Batte facilmente Neferpitou, ma l'uso sconsiderato del nen lo riduce in fin di vita, con Killua che arriva solo alla fine dello scontro.
-Meruem si riprende più forte che prima, ma ha perso la memoria. Shawapouf, che ha sempre odiato Komugi, non vuole che il re consideri di risparmiare gli umani, e tenta in tutti i modi di nascondere le prove di quanto accaduto nei giorni precedenti, ma alla fine, dopo una serie di eventi, Meruem ricorderà tutto.
-Si scopre infine che la bomba di Netero era anche iper-velenosa (nonché super-contagiosa), e Meruem, Shawapouf e Montowtoyupih sono destinati a morire in poche ore. Il re decide di trascorrere le sue ultime ore di vita con Komugi, giocando a gungi, non riuscendola mai a battere (e comunque condannando alla morte anche Komugi, per via del contagio).
-Nonostante il successo finale della missione, sono morte infine molte persone nel corso dell'intera vicenda. Alle formichimere che si sono arrese agli umani vengono concessi vari diritti, e la morte di Netero causa un vuoto nell'Organizzazione Hunter, i cui membri saranno costretti a giostrare nelle varie vicende politiche (e non) per risolvere la questione.
-Si scopre che l'altra figlia nato dalla Regina è in realtà Kaito, salvatosi grazie ad un suo potere nen e divenuto una ragazza dai capelli rossi.
-Gon è infine in ospedale in condizioni critiche, e sembra che nessuno possa aiutarlo. Killua però conosce una maniera per salvare il suo amico: tornerà a casa sua per prendere Alluka, uno dei suoi fratelli, in possesso in un potere grandissimo e allo stesso tempo terrificante.