La rivista, nata nel 1959 insieme alla rivale Shōnen Sunday, si è affermata soprattutto negli anni settanta grazie alla presenza di autori come Ikki Kajiwara, Go Nagai e Shotaro Ishinomori che, con opere come L'Uomo Tigre, Devilman e Kamen Rider hanno contribuito alla popolarità della rivista in quegli anni. Il dominio sul mercato è continuato fino a che la rivale Shōnen Jump, nata nel 1968, non raggiunse la popolarità nella seconda metà degli anni ottanta. Nonostante ciò lo Shonen Magazine ha pubblicato negli anni numerosi manga di successo come Hajime no Ippo, Kindaichi shōnen no jikenbo e Great Teacher Onizuka negli anni novanta o come Fairy Tail ed Air Gear negli anni duemila. Al momento la serie più di spicco è Nanatsu no Taizai - The Seven Deadly Sins.