Shonen Sunday è stato pubblicato per la prima volta il 17 marzo 1959, il giorno stesso del suo rivale Shonen Magazine. Nonostante il suo nome, Shonen Sunday è pubblicata il mercoledì di ogni settimana. Il "Sunday" nel nome fu la creazione del suo primo editor, Kiichi Toyoda, che ha voluto dare un titolo evocativo che ricordasse un rilassante week-end. La rivista ha sempre potuto vantare di autori di ottimo livello quali Shotaro Ishinomori, Fujio Akatsuka ed Osamu Tezuka che hanno fatto raggiungere negli anni 80 il periodo d'oro della rivista con 2 milioni di copie vendute ogni settimana. Prima del 1990 e fino al 2000 i manga serializzati su Shonen Sunday difficilmente arrivavano ai 40 volumi, tutto questo nel nuovo millennio è cominciato a cambiare con serie come Detective Conan, MAJOR, Inuyasha e Karakuri Circus, che hanno mantenuto un elevato livello di popolarità.